La Guerra de la Independencia supuso el cierre de la Academia de Alcalá y la dispersión de su personal. Sangenís llegó a Zaragoza, donde Palafox le encargó el mando de los ingenieros de la ciudad y la dirección de los trabajos de fortificación. El Primer Sitio de 1808 le valió el ascenso a coronel por la defensa de la puerta y la batería de Santa Engracia. En el Segundo Sitio (1809) murió a consecuencia de un balazo que le alcanzó cuando se encontraba en la batería del molino del aceite, por lo que es uno de los Héroes de los Sitios.

Obras: Exercicio público de matemáticas que en los Reales Estudios de San Isidro de esta Corte tendrá D..... (Madrid, 1789), Elementos del arte militar antiguo y moderno (Manuscrito), Nociones elementales para calcular bien los materiales necesarios y el costo de los edificios. Diccionario arquitectónicocon figuras (Manuscrito, 344pp.), Tratado teórico y práctico de fortificación de campaña (Manuscrito, 408pp.), Reflexiones y observaciones necesarias para la más completa inteligencia del tratado de Aritmética universal que se enseña en la Real Escuela Militar de Matemáticas de Zamora (Manuscrito, 150pp.). Su Curso de Topografía y Elementos de Geodesia.- Atlas se reeditó en Segovia en 1872.