Sobre la fecha de nacimiento, todo son conjeturas y todas admisibles. Algunos autores, basándose en lo escrito por el propio autor, la sitúan en 1452. Zacut escribe en el capítulo II de su obra Hibbur ha-gadol, al tratar del manejo de la tabla para averiguar “la hora de la revolución de cualquier nacimiento”: “Ejemplo para esto, porque mejor lo entiendas: uno nació en el año 452, a 12 de agosto, tres horas después de mediodía, y han transcurrido para este nacimiento veinticinco años completos, y queremos saber la época de la revolución del año 26...”

Aceptar esta fecha de nacimiento nos permitiría asegurar que cuando escribe su obra maestra tenía veinticinco años, debido a que esta obra está datada en 1477. A pesar de esta conjetura, comúnmente se señala el nacimiento “hacia 1450” a pesar de que aunque algún otro autor lo sitúa en “cerca del año 200 del milenio sexto”, o sea 1440.

Es previsible que pasara su juventud en Salamanca y que al menos hasta 1477 viviera en esta ciudad por su propio testimonio que refleja en el capítulo IX del Hibbur ha-gadol. Aunque es probable que su estancia se sitúe hasta 1481 o 1482.

Debido al ambiente familiar, su padre era hombre docto que había recibido la Cábala de beneméritos sabios, del cuál nuestro autor aprendió la Ley y otras enseñanzas, es verosímil que Zacut acudiera a la Universidad de Salamanca, entonces una de las más prestigiosas y famosas, donde aprendió Astrología y Matemáticas. Regentaba la Cátedra de Astrología Nicolás Polonio hasta 1464 en que declarada vacante, por ausencia de su titular, accedió a ella un amigo de Zacut, Juan Selaya o Salaya.