Al abolirse la Constitución en 1814 fue inmediatamente encarcelado y luego confinado, primero en Murcia y Cartagena y desde diciembre de 1815 en su localidad natal, situación que cambió drásticamente cuando triunfó el pronunciamiento constitucional de 1820, que le ascendió a Teniente General y le nombró miembro del Consejo de Estado y de nuevo Regente, tras la votación de la incapacidad del Rey. El nuevo regreso del absolutismo significó para él la condena a muerte y la confiscación de todos sus bienes. Felizmente pudo escapar a Gibraltar, donde vivió de una pensión de 12.000 chelines británicos que le otorgó el Duque de Wellington y donde pudo volver a dedicarse a la ciencia escribiendo una bella pieza en verso de título Poema físico-astronómico.

Retrato de Gabriel Ciscar y Ciscar
(Museo Naval de Madrid 671)

Obras: Memoria elemental sobre los nuevos pesos y medidas decimales fundados en la Naturaleza (Madrid, 1800), Curso de estudios elementales de Marina. Tomo I, Tratado de Aritmética (1ª ed. Madrid, 1803; 7 eds.), Curso de estudios elementales de Marina. Tomo II, Tratado de Geometría (1ª ed. Madrid, 1803; 6 eds.), Curso de estudios elementales de Marina. Tomo III, Tratado de Cosmografía (1ª ed. Madrid, 1803; 6 eds.), Curso de estudios elementales de Marina. Tomo IV, Tratado de pilotaje (1ª ed. Madrid, 1803; 6 eds.), Apuntes sobre medidas, pesos y monedas que puedan considerarse como una 2ª parte de la memoria elemental (Madrid,1821), Poema físico-astronómico (Gibraltar, 1828).